1931年秋，学生抗议日军侵占满洲里的风暴迅速积聚并且在全国主要的都市中心爆发。在上海和长江三角洲地区，公办学校和教会学校的学生罢课几星期，他们乘火车到南京去请愿，迫使火车免费搭载他们。在首都南京，这些学生和来自全国各地的志同道合者聚集在一起举行各式各样的群众大会抗议国民党政府的不作为政策。江阴教会学校没有中断教学秩序，但是在校院内和宗教崇拜仪式上仍可以听见措辞激烈的演讲。抗日的悲愤和仇恨气氛引起一些传教士的恐慌，他们想要提倡基督教的忍耐精神，可是由于他们外国人的身份，害怕被指责是亲日派而犹豫不决。
学生抗议请愿的同时，国民政府已经采取了措施在江阴做好了防御准备，如果战争扩散到中国的中部地区，就可以阻止日军由上海溯江而上朝南京进军途中从江上或空中发动的袭击。国民政府仓促但拖沓地翻修和加固江阴要塞工事，这些要塞在早期的战争中起着非常重要的作用。两名德国军事顾问派来视察江防地势，调来了增援部队，并配备了防空的高射炮。除此之外，建立了无线电站以便改进通讯的性能，而且还修筑了一条30英里长的锡澄公路（无锡—江阴）直达要塞的后方。
传教士们也做好了日军攻击的思想准备，他们指导当地的公办学校和教会学校—劳拉 墨奇特 斯普鲁特女子学校—中的女生们开展红十字会医疗服务培训，所有的紧急物资和医疗用品都储藏在布道站里。一幅20英尺平方的正方形红十字旗帜展开平放在教会医院的屋顶上，日本飞机的飞行员飞越上空时可以清楚地看见这面红十字旗帜，屋顶上还镌刻着汉字和英语的粗体大字“医院”和“美国”。
1930年早期，日本侵略者还不是唯一阻断布道站工作的势力。有时候，共产党活动的再次出现也引起恐慌。也许1930年8月期间产生的惊恐更加大一些。在江阴农村地区，共产党频繁的攻击杀伤了许多的村民。一些村民来到教会医院接受医治。传教士们为农村基督徒在市内布道中心站举办了夏季学习班。这时候谣言开始散布说共产党即将攻击礼拜堂。早在几个月前，反对洋人和基督教的传单已经在城里面散发了，因此政府当局郑重其事地对待这则谣言。在江阴警察局长的请求下，为了避免惹出麻烦麻烦，夏季基督教学习班提前结束。不久，一位共产党的领袖被抓获处决之后，紧张的局势终于得到了缓解。1933年秋，乔治 沃思积极地评述了已改变的局面：好战的共产主义活动已经趋于平静。乡村的秩序比去年更加井然。我们随处可以遇到彬彬有礼的问候和热忱的举止甚至通常最不友好的团体，譬如江阴学生会，也已经考虑邀请查尔斯 沃思担任他们抗日志愿者兵团的教练。从那时起直到四十年代后期，江阴的传教士们不再与共产党人发生任何接触或引起任何麻烦了，因为日本军国主义的威胁显得越来越突出了。
整个31—32年的秋冬季节，局势的不确定和恐惧的情结笼罩着江阴社区。它等待着“恶龙尾巴的致命一击”。在早期的危机中，江阴的众多居民依赖布道站作为他们的避难所。一位大银行家告诉乔治 沃思“一旦战争在这里爆发，我们就飞一般地来到布道站。”
1932年一月下旬，所有人预料和担心的战斗终于在上海爆发了。中国国民抵制日货和抗议日军侵入满洲里的强烈的民族主义呼声加剧了上海的紧张氛围，并已经持续了一段时间。一月18日，几个中国人袭击了日本人，其中两名日本人伤势严重，生命垂危。日本人采取了报复行动放火燃烧了一家中国人的工厂，他们还杀害了几名试图恢复秩序的中国警察。双方的平民代表已经开始协商了，但是日本海军指挥官以这个事件为借口，命令海军陆战队队员登陆，占领了租界来保护日本侨民的生命财产，并且要求部队增援。一月28日，国际租界市政厅宣布进入紧急状态，如果战争爆发，就启动保卫租界的应急方案。日本军队迅速表明了他们的立场，当天晚上军队撤离租界地区，进入了中国的闸北区。随后中日之间的战争爆发了，而且在三月初的停战协定达成前，战火蔓延到了内陆15--20英里的范围。停战谈判缓慢地进入五月份。直到七月中旬，日本军队才从占领的地区回撤到租界。
随着中日战争蔓延到上海以外的地区，江阴的居民担心会发生更加糟糕的事情。他们不仅害怕日本军队的轰炸，而且害怕纪律松弛的中国军队撤退进入江阴地区。近半数的居民，采取经得住时间考验来的方式---逃到农村的老家去了，或跑到其他的安全地区，许多留在城里的居民到布道站里来寻求避难。地方的红十字会依靠教会医院处理预期中的伤病员，并且保证每一位接受治疗的人得到医疗费用打折的优惠。来自城里的受到过西方医学培训的医生们按规定也要派出为伤病员提供帮助（而且，顺便提一句，他们也是来寻求避难的。）
二月14日，美国驻上海领事电报通知江阴布道站，催促美国的妇女和儿童撤退到上海来。尽管存在着日军（以及撤退的中国军队）沿着长江而上的危险，传教士们收到电讯后仍旧不情愿遵循领事的建议行事，他们已经做好了准备要留在江阴为当地的中国人服务，当地的中国民众对他们抱有很大的期待。9位神职人员和大部分的妇女儿童离开江阴到上海或杭州去了。6位传教士留下来坚守岗位，其中包括乔治和查尔斯 沃思 父子，玛里恩 维尔科克斯，安德鲁 和 伊拉 阿里森夫妇 以及她们的儿子。
撤退的人员于二月15日动身，乘坐一艘舢板过江，他们睡在甲板上直到第二天清晨天亮之前在河中央的航道换乘一艘英国的轮船，大约在晌午抵达上海。此刻正好遇到日本战舰炮轰上海市区；不过轰炸暂时停止，停火间隙很长有足够的时间让这艘英国轮船通过。站在甲板上的孩子们兴高采烈的成为战争的目击者，而他们的大人们对“东方战争者奇怪的心理”感到惊诧。这些战争者捏造出没有战争的谎言却又遵守“拘泥细节的战争惯例”。各国的轮船，甚至包括中国的商船全部通过了“战争区域”。
江阴终于避免了战争，这场战争仅仅限于上海地区并于三月份结束。可是江阴的基督教教会沉痛悼念江阴人民的儿子，蔡牧师的遇难。1925年，蔡牧师辞去了东门牧师的教职，到上海负责自立的，费奇 弥莫里尔长老会教会工作。一月29日，日军的海军陆战队进攻上海时，蔡牧师和他的妻子，儿子以及其他四位家庭成员被日寇抓住，拷打，然后押送出去。蔡牧师的教会人员和西方的朋友们几次三番去日军那里查询，但是没有获得任何信息，大家猜想他们都已经遇难了。
日本人对中国起初发起的突然侵袭，尤其对上海野蛮的地面和空中攻击激起了西方集团的反感。在华的传教士们理所当然是最猛烈的批评者，他们批评日本政府的政策和野心以及所产生的对财产的肆意毁坏和对传教士们正常生活的破坏。不过他们通常避免大声疾呼请求西方政府采取抗日的行动。许多的传教士甚至批评了中国政府的外强中干。他们认为正是这个弱点诱发了日本的侵略。在江阴的传教士们就是采取了这么一种态度。例如，乔治 沃思在写给美国本土亲戚的几封信中表达了他对日军野蛮行为的愤慨，“任何悲愤和仇恨的语言都不能表达我对“小日本鬼子野蛮行径的愤怒。”但是他也责备中国政府应对这场灾难负责，“这场灾难在很大程度上是因为中国政府采取的错误方式而导致的。”并暗示“如果日本采取必要的智慧，遏制和仁慈，以体面地方式推进他们的政治冒险行动，它是可以被容忍的。”沃思的儿子，查尔斯也表现了相似的爱恨交织的矛盾心态，“日本人寡廉鲜耻，傲慢和残忍，采取了军事行动，失去了全世界的尊敬，否则它对华战争后面临的世界舆论要好一些。在过去七年中，中国政府的不负责的行为和混乱的局面活该遭遇猛烈的打击，然而日本人对华的铁血手段也太可怕了！”
到了1937年，日军发动了全面的对华侵略，传教士们中间那种爱恨交织的矛盾心态烟消云散。同年九月一群美国和英国的传教士们在莫干山（杭州附近的避暑胜地）休假，他们的假期由于战争缘故延长了，他们就中日战争发表了声明，指责日本对这场武装冲突中应付完全的责任，这场战争是日本对华持续不断侵略的产物。日本政府抱怨中国人民抵制日货，破坏日本的财产，谋杀日本侨民和反日宣传不过是发动战争的借口，应当不予理会。“我们对中国人民日益仇恨日本的态度表示遗憾，但是从日军对华的行为而言，如此的抗日情结是我们所预料的，其他的民族在这样的情况下做出如此的反应，日本政府绝不能为日本在华的军事行动辩解。”在沪的23位南方长老会传教士10月份签署了另一份声明：“我们为了中华人民被派到这片土地上来的，我们是这些英勇牺牲和深受灾难人民的见证人。他们团结一致，众志成城，不惜任何代价抗击强大的，非人道的军事机器，为了保存他们民族的生存和自由的权利。”
江阴的传教士们在他们的私人信件中用更加严厉的措辞谴责日本侵略者。安德鲁 阿里森坦言：“没有语言可以能够让你描述见到的那些邪恶的，野兽般的残暴行为而产生的恐惧，也没有语言能够戳穿侵略者和他们的政治后台难以令人置信的虚假和伪善的措辞。”露丝 沃思，乔治沃思的女儿写信给她在美国的朋友详细地揭发日军的奸诈和残暴。
别相信任何来自日本人的报道---我这么说并不是抱有偏见的心态，尽管我对他们怀有成见。但是在最近的几个月中，有太多次的事实可以证明日本的军国主义政权正在歇斯底里大发作，丝毫不考虑真理，公义和诚意，只是一味地追求征服和个人势力的扩张。
近来我读到一封YMCA（青年基督教协会）秘书写的长信，这段时期他和其他20—30名外国人一直逗留在南京。他描述了日本军队随心所欲，肆无忌惮，恶魔般地谋杀，强奸和掠夺，犯下的罪行令人发指。。。信中给我留下特别深刻印象的是鲜明的对比：南京城市曾经是井然有序，市民们维护着它的整洁文明，直到最后的时刻。。。自从日军占领了南京，它是一片混乱，处处笼罩在恐怖的气氛。。。
我们觉得你们在国外根本不知道中国究竟发生了什么，尤其是根据日本人发表的报道，全世界竟然都知道在中国发生的一切多么令人愉快，中国的农民张开双臂欢迎日军的到来。。。这是我感到有些不安，我对日本鬼子充满了愤怒和仇恨的感情。
1937年十二月，日本军队大举进攻把查尔斯，露丝的哥哥，从杭州布道站驱赶出来了。查尔斯也报道了日军在杭的烧杀奸淫，接着做出结论，现在完全清楚了，日本人此次战役的目的之一就是让白种人颜面丢尽，如果可能的话，把白种人赶出中国，特别是把布道团赶出去。实际上，我们可以从每一个城市的布道团那里获得了可靠的报道，那就是日军已经对布道站的财产进行了蓄谋已久的掠夺和毁坏。江阴布道站的遭遇就是一个恰当的实例。
如同在1931—31年那样，在1937年国民政府和当地的平民都预计到战争将笼罩江阴。江阴要塞在保卫长江地区中变得更加重要了。因为日军于1932年已经摧毁了上海以北的吴淞要塞。1936年早些时候，蒋介石主席亲自视察了防御工事；那年的晚些时候，环抱江阴的所有山丘上面都构建了防御工事并且宣布外国人禁止入内（以前外国人在这些地区狩猎或徒步旅行）。战斗打响之后，日军威胁着上海地区，中国的军队在江阴下游崇明岛附近的江中沉下了28艘轮船企图阻挡日本军舰的航道。导航标志被炸毁，部分的长江水域布上了地雷。中国的几个师旅配备了高射炮抵达要塞帮助镇守江阴地区来阻止敌军滩头登陆，从而朝首都南京方向发起陆地进攻。
九月中旬以后，江阴的平静生活被打断了，每天日本飞机的轰鸣声和中国军队高射炮的隆隆声吓得百姓不敢走到街上来，许多人被迫逃到其他地方去了。户内空无一人，棉田无人照看，士气普遍低落。传教士们不遗余力地向中国的助手们保证他们和中国人站在一起。额外的粮食和医疗供需品都储藏在布道站的大院子里，准备防止日本军队的袭击。中国军队顽强地奋力抵抗但是没有不成功。敌人的战机严重地摧毁了中国海军的力量和固守在江岸边上的炮兵阵地。日本的陆军部队持续不断地沿江而上直逼江阴，经过了五天的激战，1937年十二月1日，侵略者攻占了要塞和江阴城。
Para.2 , p.117
那年秋天有四位外国传教士留在在江阴。在那年的夏天，由于局势不确定，所有的外国神职人员在莫干山或桂林延长了他们的度假期或者回国休假了。到了九月份，美国领事敦促所有的在华美国人离开内地，但也有一些传教士没有服从。在长沙，耶鲁驻华的职员 罗斯 格林申辩道，这次和1927年不一样，那一次传教士们成为中国民族主义分子攻击的靶子，而他们现在是“和我们中国朋友在一起，是他们的一部分，如果我们为了个人的安危仓皇撤退，会使中国朋友感到气馁的。”
所有的江阴传教士们度完暑假后首先到达上海而不是直接返回江阴，但是安德鲁和伊拉 阿里森夫妇，凯瑟琳 汤普森和玛丽恩 威尔科克斯当时就决定返回江阴开始工作。威尔科克斯解释说刊登载在上海日报的一篇社论促成了她的这个决定：
毫无疑问，在华的外国传教士们正面临着危险。他们或许可以轻易地请求他们的政府伸出父亲般的手把他们从杀人放火的军队那里拯救出来，但是这样的做法不符合基督教精神，也辜负了他们神的旨意。。。一见到危险就逃跑，传教士们或许违背了中国基督徒寄托在他们身上的信心；如果留下来继续和中国的基督徒在一起，他们肯定会赢得永久的亲善和爱戴，并且在将来的岁月中为赢得中国人民更大的支持打下了基础。
1937年，四位传教士返回江阴布道站时，发现教会学校几乎不能运转了。到了十一月份，由于形势太危险，学校关闭了。十一月13日，联合管理委员会的9位中国成员相聚并起草了一份紧急计划。他们决定如果局势变得太危险，管理委员会的成员可以离开布道站，但是必须作为一个团体秩序井然，精神饱满地离开布道站。教会医院的工作人员撤离时要随身带走必需的药品和医疗器械以便在其他地区继续开展医疗服务。医院建筑的顶部用白漆涂写上“USA ”和汉字“医院”，所有的建筑上都飘扬着可让日军辨认出的美国国旗。过了两天，日本的轰炸机群飞近布道站之后，装载着年长的妇女和年幼的儿童以及医疗队必需用品的一艘船离开了布道站到乡下去了。布道站里的巡回布道船，原先为了防止被中国军队强行征用，修理之后没有安装，如今拼装起来了，而且雇佣了另外一艘船为最后一次撤退做好了准备。一周之后，十一月22日，开始了最后一次撤离。
三艘船上约80名中国的基督徒和4名外国传教士直接开往目的地张家村，该村距离江阴城西南方向约14英里，坐落在一座大山后面，离澄--常运河 （江阴---常州）约半英里的路程。日本军队经常在运河上来来往往。张家村不满300人，信主的寥寥无几。但是作为东道主的村民派他的两个女儿陪伴来自江阴的单身的外国女传教士，他还安排中国的基督徒在全村各家的屋子里住宿，男传教士们仍旧待在巡回布道船上，他们在船上居住的空间是7 X 5英尺。江阴的基督教教会流亡了19个月，不能返回江阴城去使用那里的布道站。
据中国的目击者称，完成撤离行动的几天后，日本飞机在光天化日轰炸了布道站，根本无视建筑物上面显而易见的标志，也无视美方已经通知日本公使这个地区存在美国财产的事实。而主要的破坏行为发生在日本军队控制了江阴城以后。十二月18日清晨，日军闯进了布道站，把家中的家俱，医院的病床，学校的设备堆放在一起，泼上汽油，然后放火燃烧。20座建筑中的17座在熊熊大火中烧毁，仅剩下医院的宿舍楼，护士之家楼和男校的宿舍楼还矗立在那里，但也有不同程度的损坏。日本士兵占领了那三幢楼，住了些时候，又放弃了，使得那三幢楼成为当地中国人称之为“无法无天份子”的小偷轻易掠夺的猎物。布道站的大部分围墙在炮火中坍塌了，许多木制的大门荡然无存。后来估算布道站财产损失总计约91,000美元。
江阴城也遭到了严重的破坏。工厂和作坊的原料以及机械设备遭到日军的掠夺；大户人家中有价值的家俱也被抢夺，然后运回日本，留在城里寥寥无几的居民主要是从事服务性行业的人员（饭店，茶馆，理发店等等）。到处都不见妇女的踪影，日本的军警人手匮缺（据说整个城里只有三名警察）根本无能为力去阻止蔓延的抢劫和强奸的罪行。
37年秋和38年冬，几位外国传教士试图返回江阴布道站核实一下那里损毁的状况和评估重新在江阴开展工作的可能性，但没有成功。第一位返回江阴的是查尔斯 沃思，他不是分配去江阴工作的而是去江阴是要核查一下沃思家庭留在那里的私人财产。在上海的日本当局不允许外国人返回江阴，但是沃思于一月下旬设法弄到一张到无锡的军事通行证，他希望在无锡可以说服那里的日本指挥官签发一张去江阴的通行证。日本人拒绝了而且命令他立即返回上海。不过沃思最终还是绕过日本当局，未经他们的批准，费些周折到达江阴。
二月份，张家村的传教士们发现了一条避过日本控制区直通上海的路线。他们顺着一条小河航行，抵达常阴沙，一座位于长江中间的大岛，距离江阴以东三十英里。传教士们在那里上船，悬挂着外国的旗帜往返于上海。二月份，伊拉和20名年轻的中国基督徒沿着这条航线到了上海。年轻人在上海报名注册就读于一所特殊的学校。查尔斯 沃思也决定重循他们的路线前进。三月7日，他离开上海到张家村去暂时接替伊拉 阿里森的布道工作，好让伊拉在上海“歇口气”，如一位传教士表达的那样。三月15日沃思从张家村步行15英里到达江阴，自从4个月前撤离以来，他第一次看到了布道站的状况。他正要进城去，遭到了日本卫兵的阻拦。经过和武装警官的交涉之后，允许他进入布道站并且在里面张贴标志要求日本士兵不要去破坏外国人的房产。沃思还安排了一些从前的雇员入住剩余的三幢楼房担任看护员直到修理工作完毕和基督教会重新回来为止。沃思家的私人财产已经是所剩无几，难以挽救了。不过查尔斯设法重新找回了他的曾祖母捐赠给布道站的一座放在医院的鸣钟。那鸣钟报时的声音仍然轰鸣，整个江阴城以及周边的乡村都能听得见。
基督徒难民在张家村尽最大努力传扬福音。阿里森夫妇教授圣经课，汤普森和威尔科克斯教授英语和教女孩子们唱歌。一些中国学生接着又在村民的孩子中间传播基督教的信息。传教士在两座村庙里布道，许多来自江阴地区的难民也在庙里聚会。有时候，一些传教士到江阴去和那里的基督教社团聚集在尚未烧毁的男校宿舍楼里一起开展主日礼拜。但是他们没有特意去和江阴大地上许多的布道分站取得联系，这些分站据说继续在开展基督教崇拜活动。不过外国传教士认为他们现在的基本任务是把大批滞留在张家村的难民团结起来，牧养他们，向他们传福音。
1938年传教士们决定搬迁到附近的焦甸小镇上去，部分的原因是担心难民们的身体健康。1920年在焦甸建立了布道分站。张家村的生活条件比较原始而且人满为患，他们担心盛夏酷热期间可能会爆发流行性霍乱。令人高兴的是，焦甸镇上的乡绅们邀请传教士们落户他们的镇上，条件是要为镇上约5000名群众提供医疗服务。大约80名基督徒转移到焦甸，当地绅士免费提供一幢崭新的二层教学大楼让他们居住，由于战争原因，这座大楼尚未使用过。教学楼改造后，为12户家庭提供了居住的空间，另外修建了一间教室和若干间门诊室。传教士们还可以随意使用学校后面连接着厨房的一座大庙和开阔的后庭院，从前人们在庭院里演戏的。
在焦甸没有开设正规的教学课因为担心会引起人们对那里的教会团体过度的注意。不过传教士们确实从华中布道团那里获得了批准可以为30--40名基督教学生办一所非正规的学校，它是“一所家庭学校，没人会对它说三道四的。”在上海，江阴的两所学校和其他10所教会学校合并，于1938年秋建立了一所合作学校来收容大批基督徒难民的孩子们，他们是由于农村的形势太危险而来到上海避难的。
现在来谈谈医疗服务工作。预料之中的霍乱爆发了。整个夏天，医务工作者忙得不可开交，只好请求增加传教士医生来帮忙。阿里克斯 莫菲特，他是已经在江阴工作了30年的赖斯和凯特 莫菲特的儿子，特地从上海赶来帮助陈威廉医生，陈医生先前在江阴，如今是焦甸医院的院长，后来 阿里克斯 莫菲特调到附近的集镇峭岐，他在那里负责焦甸医院的分院，分院设立在一位大户人家的家中。那年夏季，先后有近400名霍乱病人在这两个乡镇医院接受治疗，治愈率达90%。半死不活的患者，或躺在门板上，或坐在柳条椅子上，或蜷在硕大的竹编蚕匾上，或伏在人的背上，被送进了医院。在焦甸，病人涌进医院一层楼的过道，在那里接受救人性命的静脉盐水滴注治疗。“当挽回生命的液体从药瓶里流下来，”安德鲁 阿里森写道，“几分钟后，病人的眼睛颤动，缓缓地睁开，恢复了意识，死一般的脸上显现出血色，枯皱的手指也圆润起来。在你的眼前是一位虚弱但已经是活生生的人而不是15分钟前那位躺在床上濒临死亡的患者了。”病人一开始康复就立即被打发回家以便腾出空间让其他的患者接受治疗。但是一些亲戚没有特别留意医生叮嘱的家庭护理和遵守卫生防疫的要求，使得病人得了致命的复发症。作为对医院治疗的补充，务实的中国人开展了公开的耍龙灯游行，这种活动让传教士们既感到好奇又觉得有些纠结。
焦甸医院和它的分院还从事其他的服务项目。日军攻击了邻近的乡镇之后，13名严重受伤的百姓送到这里的医院接受医治。医务人员还为国民党游击队提供医疗护理，但是这些游击队员抵制对他们灌输“迷信的道理”，有时候医务人员还把他们藏匿起来不让日军发现。一般来说，游击队员对待传教士们还是很友好的，坚决要求不去伤害美国人。但是，有一次这样的关系引起了一些紧张。游击队员要求使用传教士在焦甸的屋子开展孙逸仙的纪念活动，传教士们同意了但条件是游击队员到来时必须不带武器，而且纪念活动仪式要简短。尽管传教士们同情中国人民的抗日斗争，但是他们不愿意惹火烧身。使传教士们大吃一惊，250名全副武装的游击队员参加了纪念活动，活动持续了两个半小时才结束，于此同时传教士们担惊受怕，唯恐日本巡逻队随时可能出现。幸运的是，这样的事情没有发生。
和日本人打交道遇到的麻烦就更多。传教士停留在张家村的六个月中，曾经有一次，狩猎野鸭的日本兵距离张家村仅200码远，不过他们从来没有发现基督徒就在那里避难。张家村也避免了附近许多地区所遭遇到的日本飞机的轰炸，这表明了基督徒竭力宣扬的一个事实：这是神所赐的保护信徒的证据。传教士们在江阴地区巡回布道途中或者他们到江阴城来做短暂访问时和日本军队接触到很少。不过在峭岐镇发生了一起比较大的麻烦事。阿里克斯 莫菲特负责那里开设的门诊所。1938年十二月11日，日本侦察兵进入乡镇，指定基督教的礼拜堂作为第二天到达的大部队的宿营地。当时阿里克斯 莫菲特外出，赖斯 莫菲特正在乡下巡回布道。有关日本军队意图的消息传到焦甸，当时在焦甸的安德鲁 阿里森和赖斯 莫菲特急急匆匆地赶到峭岐先发制人，抢先占据了那里礼拜堂的住处。日本大部队到达后发现礼拜堂已有人居住了。经过一番磋商，日军同意在城里另外寻找一个地方作宿营地了。
两周之后，一场更严重的事件发生了。因为莫菲特夫妇那段时期逗留在上海，所以安德鲁 阿里森不得不再一次从焦甸来到峭岐照看那里教会的设施。十二月23日，一名通讯员来到礼拜堂讲述了一则可怕的消息：一名日本哨兵在门诊所附近的商店里被枪击中，倒地而亡。镇上的百姓惊慌失措，四下逃窜，害怕日本军队采取报复行动。武装到牙齿的日军匆匆赶到事发现场，安德鲁 阿里森，作为中立的外国人，负责调查桩案件。他迅速断定是一名中国游击队员趁日本兵在商店里买糖的时候杀害他的，而且已经逃到周围的农村，他的判断让日本指挥官很满意的，因此没有一位镇上的百姓受到牵连。日军撤离现场返回了宿营地，而日本指挥官却坐下来和美国传教士聊天。他们边喝可乐，边谈论战争或“中国事件”，（日本军官坚持使用这样的措辞），谈论中国人民对蒋介石的忠诚，谈到了中国的正规军和游击队（也称之为“便衣军队”）和纯粹土匪之间的区别，他们分手时，彬彬有礼，互示友好和尊敬。
滞留在农村一年和日军完成了第一次侵占中国的军事行动之后，江阴的基督徒难民们开始计划返回中心布道站。他们向华中布道使团申请修缮资金，并在1939年布道使团的会议上得到了批准。藉着这些资金和后来陆续从布道团那里得到的资金，阿里克斯 莫菲特安排修葺布道站里剩余的三幢建筑，使之适合居住和重新开张布道工作。1939年六月2日，滞留在焦甸的大部分基督徒返回了江阴，居住在其他地方的一些基督徒和传教士小组也返回了，一起帮助布道站的恢复和重启工作。男生宿舍经过改造后，可以居住8名传教士和3名他们的孩子；以及18名中国基督徒同工和30名学生。传教士们专门为年幼的学生开设了班级，年龄大一些的学生在上海的基督教合作中学念书。布道分站举办了为期一周到十天的圣经学习班，在布道站内两座没有烧毁的医院里重新恢复了门诊室。为了复兴东门礼拜堂，在美国和暂居上海的江阴学校280名校友中间发起了一场募捐运动。
就这样在1939—40年期间，江阴布道站又复活了，他们打算重新开展传福音工作，教育工作和医疗服务工作。传教士们希望在稳定的环境下继续开展工作，然而这样的希望证明是不合实际的。日军的侵略不可修复地撕裂了中国政治和社会的体制结构，同时培育着共产主义运动的成长，这场运动最终将不能容忍福音传播机构在中国的存在。而且日本人野心的扩张，和美国在太平洋地区的利益产生了碰撞。面临这些发展，传教士们在江阴的地位变得岌岌可危。日本军警常常来到布道站盘问神职人员，游击队仍旧出没在农村，有时候还发挥一下他们的威力。1940年十月，这段时期中布道站遭遇到了最糟糕的时刻，当时所谓的“土匪”（很可能是共党分子）袭击了教会医院，企图绑架医院院长陈威廉并抢劫医院的资金，虽然他们的阴谋没有得逞，但是陈院长遭到残酷地拷打，后来因伤势过重而去世。另外一名中国医生的胳膊被打断，锁骨断裂。当时阿里克斯 莫菲特在休假，医院里只剩下一些基本的医护人员：一名护士长，一名实习医生和一名实验室的技师。
这次袭击事件发生之后，华中布道使团投票决定指示关闭所有布道站或者把工作的管理职责移交给中国基督徒，除非万不得已，布道团督促传教士们十二月1日之前撤离。到了1941年三月份，只有阿里森夫妇和玛丽恩 威尔科克斯坚守在江阴。12月初，阿里森夫妇离开江阴到上海去了。十二月8日清晨，50名日本士兵闯进了布道站，枪头竖着刺刀，右手扣着扳机发疯似地吼叫。日军把威尔科克斯和所有的中国人押进院子里，他们洗劫了整个布道站，然后抢走了属于布道站的两艘房船，自行车，打字机，缝纫机，医疗用品，床上用品和食品并且扬长而去。学校，礼拜堂和门诊所都关闭了。中国的基督徒携带着日用必需品被迫离开了布道站，威尔科克斯在布道站内遭到了软禁，她和一位陪伴她的中国妇女一起度过了寒冬。一小部分日本兵驻扎在布道站内，到了三月份，另外又来了几百名日本兵。后来威尔科克斯讲述了这段时期生活的情况：她仍旧生活得很好。没有受到日本人的虐待。一名日本兵给她带来了水果罐头，另一位士兵甚至打发人到南京为她买来了巧克力；他们允许威尔科克斯和墙外的基督徒们接触。中国的基督徒们在江阴城周围继续开展宗教活动并办起了门诊所。1947年圣诞节那一天，威尔科克斯迎来了珍贵的时刻，一群基督徒儿童勇敢地顶住日本兵的怒火，在她住所的墙外面高声歌唱“圣诞颂歌”。1942年四月11日，日军命令威尔科克斯离开江阴到上海去。第二天，留守在江阴的最后一位外国传教士告别了这座古城。
日美交战了，中国的事业就是美国的事业。在日本人的眼中，无论美国人还是中国人凡进行的传播基督教活动的都与美国的军事和政治的努力密切地联系在一起。所带来的后果就是中国的基督徒领袖们经常遭到日本人的虐待，但是他们仍旧设法在战争年代继续开展教会的活动。江阴教会医院的大部分遭到了破坏，剩下的建筑物被日本军队占领。一些中国基督徒设法在城市周边地区开设小门诊所，继续提供医疗服务，他们还在江阴教会的一位长老家中秘密地举行宗教崇拜活动；在日军占领的几年中，学校的教学活动在存留下来的学校宿舍楼里继续开展着。事实上，在这一段外国传教士缺席的时期，给中国的基督徒们提供了比以往更多的机会来达到传教士们公开宣称的目标---建成独立的中国基督教教会。
发生在位于江阴城西南20英里的华士镇上基督教社团的故事或许是最令人鼓舞的例子。它让外国传教士们看到了中国基督徒们的领导能力和坚韧不拔的精神。日军到达华士镇后，强行占领了教会的建筑，那是传教士租赁来用作聚会的地方。于是基督徒们在附近租赁了一座空闲的织布厂。他们忍受了日本士兵的经常骚扰，日本兵咒骂他们说他们和美帝国主义联手抵抗日军，他们殴打牧师的妻子，日本兵还经常出席礼拜侍奉仪式窥探聚会信众的举动，礼拜堂里的陈设遭抢劫。终于在1942年二月，日本士兵闯进了工厂，骚扰居住在那里的牧师及其家人正常的生活，耗费了牧师的日用必需品，甚至在耶稣敬拜室内拷打和折磨被铺的游击队队员。
基督徒们忍耐了两年这样的凌辱后才得以搬进在他们自己土地上建造的新屋里。他们募集了足够的资金买下了附近镇上的一家茶叶店，然后他们拆毁了那家茶叶店，用旧房子的材料建造新屋。信徒们把从茶叶店拆下的砖和瓦运送到平底驳船上，再把砖瓦运到建筑工地上。由于承载过重，驳船在河中央沉没了，基督徒们不仅担心建筑材料的损失，而且害怕因阻碍了运河交通使他们的生命安危落入日本人的手中。他们尽可能多的召集了志愿者从幽暗的河底打捞出沉下去的砖和瓦。经过四天的潜水作业后，大部分的建筑材料被打捞上来了（许多材料洗涮的更干净了）。1944年三月初，一幢坚实的有五个房间的大礼拜堂落成了。当传教士们1947年返回时，华士的教会正在考虑增建一幢两层楼房来开办一所小学和一所医务室。
随着日本帝国在亚洲土崩瓦解，美国的布道使团计划在从前开发的宣教区域恢复传扬福音的工作。战争期间储备的资金重新发放出来，用于重新开设布道中心站，学校和医院，重新招募神职人员和工作人员。南方长老会指派了一个考察委员会访问在华的所有布道站以便决定最初优先重新开放和招募人员的地方。1946年春天，委员会转了一圈，接着于五月初在上海相聚起草了一份初步的推荐报告。海外布道执行委员会于六月4日在纳什维尔开会，采纳了考查委员会推荐的优先名单并作了一些修改，它分配给中国40万美元远东布道重建资金，并且立即发放其中的百分之十用于修葺和恢复布道站的建筑和住宅，剩下的资金要等到考察委员会完成了对形势的全面研究后才能发放。
考查委员会和执行委员会均觉得传教士“重新占领”中国不是一件容易的事情。他们不约而同地提到在布道领域中的“不确定的形势”，国民党和共产党之间日益产生摩擦，猖獗的通货膨胀和生活必需品的匮缺，委员会特别提醒有孩子的传教士这段时期不要考虑返回中国。尽管他们完全明白存在着潜在的危险，大批的传教士1946年秋天开始返回他们中国的布道站。十月份，400多名传教士乘坐“海猞猁号”包租船起航驶往远东。
126页第二节
中日战争后，只有四位传教士返回江阴。玛丽恩 威尔科克斯和安德鲁 阿里森1946年三月抵达江阴，伊拉 阿里森十月份和他相聚，凯瑟琳 汤普森 五月份乘坐“海猞猁号”包租船第二次远东航行返回，于1947年一月初到达。其他一些曾经在江阴工作过的传教士们到华中布道使团麾下的别的布道站担任了任务，因为江阴布道站的设施条件有限，也因为其他地区更加迫切需要传教士们的服务。阿里森夫妇和另外两位女传教士暂住在男校宿舍楼的三层楼上面，这是未被日军毁坏而剩下的三幢建筑物中的一幢。
考察委员会起初推荐江阴布道站重新开放医院或者学校，两者只择其一；但是神职人员说服了委员会准许他们尽量设法让医院，学校都开放。1946年四月间，医院重新开放了；到了九月份，医院每月治疗约500名病人。安德鲁 阿里森乐观地计划要建立综合性医院，招聘更多的医护人员。一所新学校在詹姆斯 斯普路特学校的旧址建起，最终还是在政府当局登记注册后，学校的第一学期于九月开学，超过了350名初高中学生来报名上学，由于受到教职人员的数量和教室空间的限制，男女学生在同一教室上课。如同其他教会学校战后的情况一样，报名上学的学生人数继续增加，到了春季学期开学时，学校有400多名学生来上课，其中女孩子占了三分之一。
一年以后，在1946年圣诞节前夕，布道站举行建立50周年庆祝活动，但是这次活动显然没有任何像出席1925年30周年庆祝活动那样显赫的或上得了台面的社团来捧场了。一年一度召开的妇女大聚会，日本入侵前的最后一次于1936年召开的，直到1948年十一月才恢复。那次妇女大会的热点之一就是杨舍镇女基督徒镇长的发言。她成功地根除了那个镇的赌博恶习。由于能够请来的传教士太少，中国的圣经妇女们从1945年起，每年在江阴农村十四个不同的地方举办短期圣经学习班。
乡村巡回布道工作迅速开展起来了。为了代替遭遇日军1941年抢走的旧的巡回布道房船，玛丽恩 威尔科克斯从一对中国夫妇那里租赁了一艘房船。中国夫妇负责划船，并且和他们的三个孩子居住在房船的另外部分。威尔科克斯愉快地汇报道，战前没有礼拜堂，基督徒也寥寥无几的一座村庄，现在建立了一个有59人的基督教团契。他们募集了2250美元，建造了一座可容纳400人的新教堂。安德鲁 阿里森也巡回布道到偏远的乡镇，包括焦甸，日军侵略时期传教士们避难的地方，他在茶馆或者庙宇里开展福音传道，不过他的汇报不太乐观，声称效果不很显著。
战后的年月中，传教士们始终忙于重建东门中心布道站；建造两幢传教士住宅的工作于1947年秋开始并计划翌年二月入住。那年春天一幢新的女生宿舍正式启用。医院的一些部分也在重建；到1948年底，为圣经学校建造的两座房子已经完工和交付使用。支付这些建设工程的资金主要来自于美国本土基督教长老会的支援。
最后的工程是在东门布道站建造一座气势恢宏的大礼拜堂。在它五十周年的历史中，中心布道站还没有一座独立的礼拜堂，它一直合用着医院的小礼拜堂。1937年，在布道站的院墙内已经选好了建造新礼拜堂的房基地址，可是华中布道使团告诫江阴布道站在不稳定的政治局势下，不要花费不必要的开销。尽管中日战争中断了建造的计划，一笔总数接近1000美元的建堂的资金已经募集到并妥善保管着。1948年又募集到了另外3000美元。传教士们仍旧决定要等到局势更加稳定的时候才建堂。然而江阴的基督徒们决定先行动起来，他们自己募集资金在保留给建筑大礼拜堂的房基旁的角落上先建造一座小礼拜堂。具有讽刺意义的是，1949年四月，共产党“解放”了江阴之后，小礼拜堂才竣工并且举行了开始启用的崇拜仪式。
若干局势进展的因素影响着江阴重建的努力和重建工作的继续。当然，如果把资金兑换成当时的中国货币后，升腾的通货膨胀迫使整个布道站的开销费用很庞大。几个传教士们通信中所举的例子就可以看出中国的货币多么地不值钱。1946年，安德鲁 阿里森花费1000元理一次发；1947年凯瑟琳 汤普森在上海花了4500元买一把罐头开启器。一座乡村礼拜堂1947年建造的费用是1亿1千2百万元，相当于2200美元。1948年所建造的另一座礼拜堂的造价是10亿元（仅仅相当于1500美元）。1948年晚些时候，从美国本土汇来一笔不到1000美元的用作建筑的奉献资金折合4万4千亿。大多数中国基督徒的奉献都折合为实物（稻米，珠宝，棉织品等等元。），因为通货膨胀使得中国的货币一钱不值。建筑材料也很缺乏。一份报告显示江阴地区几乎看不到树林。人们猜测树木都被砍伐了或用作燃料，或用去盖屋，同时在市场上面，花再多的钱也买不到稻米。
除了这些经济因素以外，更加不详的威胁是政治上的不稳定和即将到来的共产党的胜利。1947—48年，满洲里和华北地区的胜利将共产党人带入取得全国范围成功的边缘，也让美国传教士们，实际上所有外国传教士们面临一个紧迫的选择：是继续留在中国还是撤离中国。中共官方对待外国人在华的布道活动一开始是有些克制和容忍的。1948年三月，他们宣布了宗教信仰自由和保护传教士活动的政策，只要传教士们遵守中国的法律，不从事颠覆活动。中国人民政治协商会议于1949年九月通过了共同纲领，包括保证宗教信仰自由的条款，并且新政府于1950年四月重申了这条原则。可是，同年五月，周恩来总理会见主要的中国基督教领袖时表态，虽然外国传教士目前可以在中国逗留，尤其是欢迎那些身怀一技之长的外国人留下，但是新的传教士不能再进入中国了。那些离华回国休假的传教士们也不能重新返回中国了。中国的教会必须切断他们和帝国主义势力在机构管理和财政方面的联系。
中国的教会领袖们意识到了新的秩序迫使他们改变与外国在华传教活动的关系。1949年十二月，19位基督教领袖们联合发表了“中国基督徒致海外布道使团一封信”。在信中，他们表达了对从事福音传播活动的外国传教士们的感谢，并声称他们没有看到传教士的活动和帝国主义政策之间有直接的联系，不过他们也提到传道的活动曾经与不平等的条约的牵连曾经引起一些误解。他们呼吁在那些还没有进行权力移交的地区，把教会的管理权力完全移交到中国基督徒领导人的手中，让中国人掌控制定政策和财务管理的职权。他们在这封信的结尾说，鉴于新的政治经济环境，欢迎传教士们在虽然会有一些局限的范围内发挥服务作用。
显而易见，传教士们在中国的日子快要结束了，至少他们在华开展布道的活动将会大幅度的受到限制，并且还伴随着潜在的危险。美国的布道使团和美国驻华领事开始对身处内地的传教士们的安危表示关注，并且私下怀疑传道活动能否在一个由共产主义控制的中国存在下去。1949年十月，中华人民共和国成立的前一年，大约半数的新教传教士们已经计划撤离了。他们撤离的理由各式各样，其中包括身体健康欠佳，接近退休年龄，挂念美国本土的年幼的孩子，语言技能掌握的不充分或不能适应这个领域的工作。许多曾经遭遇日军软禁的传教士们更不愿意冒着再一次失去自由的风险。那些坚守在在中国的传教士们，在他们承诺的感召下，继续进行着上帝的和他们的终身事业，忠实于中国基督徒同工，忠实于他们的信念：基督教符合中国人民的需要，他们希望共产主义和基督教信仰共存。
128页第4节
1948年十一月，江阴的布道站作出最后决定的时刻来到了。十一月16日，美国驻沪领事催促所有在江苏省和邻近省份的美国公民转移到安全地带并且在失去最后的机会之前计划离开中国。与此同时，PCUS ( 美国基督教长老会 ) 海外布道团执行委员会发电报给中华布道使团授权给它“采取一切必要的措施保证我们的传教士们的安全。”爱德-布道过渡委员会十一月18日在上海汇合，投票决定召集所有的传教士来到上海，同时把所有的医院，学校以及其他教会机构的管理权移交给中国的基督徒并告知中国人1948--49年度对这些教会机构的紧急拨款将仍旧支付，但是从此以后不再提供任何资金了。他们还指出各布道站务必到当地的地方长官和警察局长那里将一份关于传教士财产所有权的说明存档并请求给与保护。身处如此的环境压力下，阿里森夫妇选择了返回美国，因为不到一年他们就要退休了。十二月4日，他们乘坐由美国政府提供的的运输船，从上海出发前往旧金山。玛丽恩 威尔科克斯和凯瑟琳 汤普森决心留下来继续她们的传道和教学工作。
玛丽恩 威尔科克斯和凯瑟琳 汤普森是江阴城里仅存的外国人（就国籍和职业而言），1949年4月24日红军“解放”江阴时，许多的居民几个月前已经逃离了江阴城，新政权对那些想返回的人们失去了耐心。大多数的基督徒家庭留下来了继续开展正常的宗教活动，包括圣经学习班和夏日培灵聚会，而且没有遭遇多少干扰。圣经学习班遭限制，必须在布道站以外的地方而且只能在礼拜天举办。两位女传教士的布道和教学工作收到了限制。江阴解放的头一个月中，“山东小伙子”（她们这么称呼共产党军队）经常到她们那里去，部队里许多的士兵从来没有见过外国人。山东小伙子询问了她们的国籍和来到江阴的目的。两位传教士不再离开布道站到乡下去巡回布道了，她们认为让中国的牧师们和圣经妇女去开展这方面的活动更加明智。除此之外，她们理性地意识到在江阴她们有许多事情需要对付。她们必须从公安局那里得到通行证才可到外地去旅行，而事实上她们是很难获取到通行证的。她们待在自己的宅所，有充足的日用食品，也没有遇到肉体的折磨，不过她们转弯抹角地提到精神上和心理上的压力。她们的经历与当时在华的大多数新教传教士的经历相似。学校的教学中断了。共产党的代理人在教会学校举行“洗脑”的政治集会和宣传文艺演出，使得学生抽不出时间学习。不少学生退学回到家里。在以后的学期，入学率大幅度地下降。
1949年十一月，威尔科克斯和汤普森试图从地方长官那里得到批准去上海与其他外国人一起参加感恩节庆祝活动和出席福音布道聚会，但没有成功。第二年二月，她们再一次作出努力，终于获得了去“大城市”三周的通行证。虽然历经种种限制和骚扰，她们俩从来没有想到要离开中国或者“有后悔留下来的一丝念头”。中国朋友们说的话给了她们鼓起勇气的信心“你们不知道现在有你们这俩姊妹坚持和我们在一起时多么的珍贵啊! ”
1950年中国参加了朝鲜战争之后，新政府加剧了对传教士们的冷漠。控诉传教士们是美帝国主义特务的声音喧嚣起来。许多传教士被指控从事间谍活动或有损于中国国家的活动而入狱。1951年四月，周恩来总理召集了基督教新教的教会领袖们开会，制订了一项政策，确信中国的教会与美国和西方其他国家脱离联系，从而取得真正地独立。周对与会的领袖们宣布了一系列的规定要求“中国的基督教教会和其他的教会组织必须立刻切断与美国布道董事会的关系”，规定表明，如果传教士从事反对政府的活动，将被免职并且受到惩罚；允许他们回国或者，如果受到邀请的话，留下来从事不担任行政管理职务的工作。江阴的教会学校和教会医院都切断了与美国布道运动的联系。到了1952年，这些机构都处于地方政府的控制之下。医院重命名为“人民医院”；联合学校重命名为“江阴第二中学”。
在51年四月召开的大会上，还怂恿教会发起“控诉会议”叫基督徒们和他们认为从事非法活动或不爱国活动的以前的同事作斗争。在那次会议结束时，教会的领袖们发表了一份他们自己的宣言，拥护政府的规定，拥护宣传“抗美援朝战争”，拥护“镇压反革命运动”；拥护中国教会实施“三自”（自治，自养和自传）
对所以的传教士们而言，这一信息的含义是清晰无误的。1951年春，一场大规模的“出埃及记”开始了。尽管在“1951年四月规定中做出了承诺，但是出国许可证也不容易获得。必须经过了长时期的拖延之后，许多的请求才得到批准。有一些请求甚至遭到拒绝。1950年十一月，两位女传教士暗示她们在江阴逗留的时间或许不久会缩短。在1951年元旦那天寄往美国的最后的家信中，她们叙述了1950十一月份年举行了乡村妇女培灵聚会，热烈欢快的圣诞节庆祝活动，以及在医院和圣经学校开展的活动。没有任何迹象表明她们在江阴生活和工作的权利和以前那样被剥夺了。
然而，这些信件透露了一个事实（在以后的通迅中表明出来了），早在1950年十一月中旬，威尔科克斯和汤普森已经决定申请批准离开中国了，显然因为她们的活动愈来愈受到了限制。警方经常不作任何解释就到她们那里去。她们不能到到教会医院去开展活动。1950年圣诞节之后，甚至不允许她们在中学和主日学校教书。中国的朋友们，为了他们自身的安全起见也为了减少对中国基督徒们产生的危险，催促威尔科克斯和汤普森离开。十一月20日，教会中学和主日学校的中国校长们写信给政府当局称传教士们希望回美国去欢度所规定的休假。出国许可证于1951年四月23日颁发，第二天（是共产党解放江阴二周年的纪念日),，她们离开了江阴城，就这样结束了长达56年在江阴的福音布道活动。
江阴布道站战后的岁月仅仅是一个简短的插曲，暂时地延长了西方在华布道活动的终结期。这场布道运动还没有来得及从日军侵略的残骸中恢复过来，就又一次面临一个新政权的挑战，而这个新政权致力于废除宗教，尤其是清除它的外国的痕迹。只有中国人民接受基督教的净化和皈依之后，西方传教士们在华绵绵流长的影响才会浮出水面。
